國家保存體系建立了符合業界標準的工作流程和運行管理機制：

1. 保存權益管理：建立符合法律要求和覆蓋長期保存及合作保存全過程的權利與義務體系，建立具有法律約束力和可操作性的權益管理制度及其執行流程。

2. 存檔流程管理：遵循長期保存系統設計國際標準（ISO 14721:2003），對數據攝入、數據保存、數據存取、存儲管理和保存管理等整個存檔流程進行全流程管理。

3. 保存系統管理：遵循國際上關于可信賴保存技術系統的標準，保證這個技術系統能高效經濟地支持長期保存服務的可靠運行。

4. 備份與繼承保存管理：按照可信賴要求，提供多層面的不同級別的備份策略和方法，有力保障系統備份的可用性、有效性和恢復時效性。

5. 標準化審計與認證管理：遵循可信賴倉儲認證標準（ISO 16363）等國際可信賴標準的指標體系，建立多方參與的數字文獻資源長期保存可信賴性公共檢驗機制。

6. 公共服務管理：根據國際通行的長期保存公共服務可信賴性標準，按照可靠公共服務所遵循的最佳實踐和最佳機制予以管理。

7. 合作化經濟投入機制：根據國家保存體系示范系統建設實踐，基于合作化的多元投入建立穩定健康的長期保存經濟投入機制，保證長期保存模式經濟上合理高效、經費成本核算科學清晰、經費投入可靠納入常規經費并有效執行，經濟運行得到持續評估并做出積極應對。